Hazel's Life Journey

이전 포스팅에 이어서 이번엔 gene ontology에 대해 소개하려 한다. Ontology (1) - Sequence Ontology Ontology는 의미적으로, 문맥적으로 연결되어 있는 단어 및 용어들 간의 집합 같은 것이다. 생물정보학에서 주로 쓰이는 ontology에는 sequence ontology와 gene ontology, 이렇게 두 가지가 있다. 이번 포스팅 livelyhheesun.tistory.com 2-1. Gene ontology (GO) - gene functions와 관련된 정보에 해당하는 용어들 - 세 개의 sub-ontologies (1) cellular component: gene function의 결과가 나타나는 곳에 대해 (e.g., Golgi cisterna memb..

Ontology는 의미적으로, 문맥적으로 연결되어 있는 단어 및 용어들 간의 집합 같은 것이다. 생물정보학에서 주로 쓰이는 ontology에는 sequence ontology와 gene ontology, 이렇게 두 가지가 있다. 이번 포스팅에서는 sequence ontology에 대해서만 다루고, 다음 포스팅에서 gene ontology를 별도로 다루겠다. 1. Sequence ontology (SO) - sequence features와 관련된 정보에 해당하는 용어들 - http://www.sequenceontology.org/browser/obob.cgi에서 각 용어 별 정보 및 다른 개념들과의 연관 관계를 검색해 볼 수 있다. The MISO Sequence Ontology Browser www.s..

1. bio fetch - accession number를 이용해 해당 데이터를 자동으로 정확한 destination에서 적절한 format으로 다운로드 (1) from GenBank (a) e.g., accession number NC_045512 $ bio fetch NC_045512 | head LOCUS NC_045512 29903 bp ss-RNA linear VRL 18-JUL-2020 DEFINITION Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome. ACCESSION NC_045512 VERSION NC_045512.2 DBLINK BioProject: PRJNA485481 KEYWORD..

Entrez web API와 Entrez Direct를 사용하여 accession number AF086833.2(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AF086833.2)에 해당하는 데이터를 불러와 보겠다. Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976, complete genome - Nucleotide - NCBI no features Feature First Previous Next Last Details www.ncbi.nlm.nih.gov 1. Entrez Web API $ curl -s 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?id=AF086833.2&db=nuccore&rettype..

Genomic data의 데이터 소스는 여럿 존재하지만, 그 중 대표적으로 세 플랫폼 (UCSC, Ensembl, NCBI) 이 있다. 1. UCSC - 지난 포스팅에서 사용한 데이터 파일이 UCSC에서 다운 받은 것이기 때문에 해당 포스팅 참고. Human Genome 데이터 예시 * 이번 예시에서 사용한 sequence data는 https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/에서 찾을 수 있다. 해당 사이트에 업로드되어 있는 데이터는 hg38(GRCh38 Genome Reference Consortium Human Reference 38)의 se livelyhheesun.tistory.com 2. Ensembl (https://ftp.en..

* 이번 예시에서 사용한 sequence data는 https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/에서 찾을 수 있다. 해당 사이트에 업로드되어 있는 데이터는 hg38(GRCh38 Genome Reference Consortium Human Reference 38)의 sequence data이다. Index of /goldenPath/hg38/chromosomes hgdownload.cse.ucsc.edu 1. 파일 다운 받아 압축 풀고 새 이름의 파일로 저장 $ curl http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/chr22.fa.gz | gunzip -c > chr22.fa - 2..

지난 주 유전학까지 수료한 나에게 한 달 남짓의 방학 비슷한 기간이 생겼다. 제일 빠른 분자 생물학 수업이 내년 1월 중순에야 개강하기 때문이다. 그 동안 뭘 할까 생각을 해 보았다. 아무것도 안 하고 쉬면서 시간을 보내기에는 그저 흘려 보내게 될 시간이 너무 아까웠다. 그래서 이것저것 자료를 구글링해 본 결과, The Biostar Handbook이라는 꽤 좋아 보이는 Bioinformatics 자습서를 발견했고, 그 책으로 한 달 동안 공부해 보기로 결정했다. (그래서 한 달 동안의 Bioinformatics 공부 기록은 해당 책의 내용이 다수 포함되어 있을 예정이다.) 그리고 요즘 블로그를 정말 너무 방치만 해 두고 있는 것 같아서 아무리 공부할 게 많아서 바쁘더라도 공부 기록이라도 대충 해 놓으려..

마지막 포스팅 후 3주가 조금 지난 오늘이다. 여전히 나는 내 삶의 다음 챕터를 펼치기 위한 준비를 하며 바쁘고 알차게 지내고 있다. 블로그를 잠시 쉬고 공부에 더 많은 시간과 에너지를 쏟은 덕에 생화학을 수료하고, 유전학 또한 제때 시작할 수 있었고, 벌써 유전학은 절반 가까이 진도가 나갔다. 그러면서 지금 나는 무엇에 집중하는 것이 좋은가에 대해서도 생각을 해 보았다. 오늘의 이 책 리뷰 포스팅을 시작으로 다시 매일 블로그에 글을 써 볼까도 생각했지만, 일단은 나의 두 번째 석사 입시가 어느 정도 마무리될 예정인 내년 여름 즈음까지는 블로그에 너무 많은 에너지를 쏟지 않는 것이 현명할 것 같다고 판단했다. 그래서 적어도 그때까지는 책 한 권씩 읽을 때마다 리뷰 포스팅만 하기로 결정했다. 그리고 오늘 ..

그저께 생화학 수업 진도를 완료했다. 사실 약 2주 전 진도가 밀리기 시작했을 때는 과연 수업 진도를 계획한 날까지 모두 끝낼 수 있을까 의문이었지만, 운동 시간 아껴서 공부하는 데 쓴 보람이 조금은 있는 것 같다. 아직 시험이 남아 있기 때문에 생화학 수업 자체가 마무리지어진 건 아니다. 그래서 어제부터 해당 수업에 대해서는 복습 모드에 돌입했다. 시험도 잘 쳐서 꼭 수료를 할 수 있으면 좋겠다. 아니, 수료해야 한다. 그러니까 복습 철저히 하고 시험 준비 완벽하게 해서 최대한 높은 점수를 받을 수 있도록 해야 한다. 그리고 생화학 과목이 어느 정도 매듭지어지고 있기 때문에 다음 과목인 유전학 수강을 시작하기에 앞서 생화학 진도 따라가느라 끝내지 못했던 유기화학과 생물학 인트로 과목을 12월이 시작되기..

요즘 공부하는 게 일상이어서인지 내가 아침형 인간인지 저녁형 인간인지에 대한 고민을 자주 하게 된다. 보통 아침형 인간이면 아침에 일찍 일어나 생산적인 일을 했을 때 능률이 오르고, 반대로 저녁형 인간이면 밤 늦게 혹은 새벽에 하는 일의 능률이 오르는 편이라고 알려져 있다. 그래서 나는 가끔 공부에 집중이 잘 되지 않을 때 이런 생각을 하곤 한다. 지금이 나의 피크 타임이 아닌 건가. 그래서 내가 지금 집중을 못하고 있는 건가. 일반적으로는 그냥 삶을 살아가다 보면 각자가 가지고 있는 경험적 데이터를 통해 알게 되는 것 같다. 나는 아침형인 것 같은데. 오후 5 - 6시 넘어가는 순간 난 아무 일도 손에 안 잡히더라. 나는 완전 저녁형이야. 새벽엔 진짜 무슨 일이든지 완전 집중 잘 돼. 그러나 나는 아무..